Identification of pathogenic and nonpathogenic Leptospira species of Brazilian isolates by Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization and Time Flight mass spectrometry

ABSTRACT Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization and Time of Flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) is a powerful tool for the identification of bacteria through the detection and analysis of their proteins or fragments derived from ribosomes. Slight sequence variations in conserved ribosomal proteins distinguish microorganisms at the subspecies and strain levels. Characterization of Leptospira spp. by 16S RNA sequencing is costly and time-consuming, and recent studies have shown that closely related species (e.g., Leptospira interrogans and Leptospira kirschneri) may not be discriminated using this technology. Herein, we report an in-house Leptospira reference spectra database using Leptospira reference strains that were validated with a collection of well-identified Brazilian isolates kept in the Bacterial Zoonosis Laboratory at the Veterinary Preventive Medicine and Animal Health Department at Sao Paulo University. In addition, L. interrogans and L. kirschneri were differentiated using an in-depth mass spectrometry analysis with ClinProTools™ software. In conclusion, our in-house reference spectra database has the necessary accuracy to differentiate pathogenic and non-pathogenic species and to distinguish L. interrogans and L. kirschneri.

Comparative genomics of pathogenic Leptospira interrogans serovar Canicola isolated from swine and human in Brazil

Leptospira interrogans serovar Canicola is one of the most important pathogenic serovars for the maintenance of urban leptospirosis. Even though it is considered highly adapted to dogs, serovar Canicola infection has already been described in other animals and even a few human cases. Here, we present the genomic characterisation of two Brazilian L. interrogans serovar Canicola strains isolated from slaughtered sows (L0-3 and L0-4) and their comparison with human strain Fiocruz LV133. It was observed that the porcine serovar Canicola strains present the genetic machinery to cause human infection and, therefore, represent a higher risk to public health. Both human and porcine serovar Canicola isolates also presented sequences with high identity to the Chinese serovar Canicola published plasmids pGui1 and pGui2. The plasmids identification in the Brazilian and Chinese serovar Canicola strains suggest that extra-chromosomal elements are one more feature of this serovar that was previously unnoticed.

Genomic characterisation of Leptospira inadai serogroup Lyme isolated from captured rat in Brazil and comparative analysis with human reference strain

Leptospira inadai is classified as a species of the Leptospira intermediate group that has been poorly studied due to its apparent insignificance to human and animal health. Nevertheless, over the last two decades the species has been described in human cases in India and in carrier animals in Ecuador. Here, we present the first identification and genomic characterisation of L. inadai serogroup Lyme isolated from captured rodent in Brazil. Even though the M34/99 strain was not pathogenic for hamsters, it was able to establish renal colonisation. The M34/99 strain presented high similarity with L. inadai serogroup Lyme human reference indicating that animal strain could also infect humans, although it does not represent high risk of severe disease. An extrachromosomal sequence was also identified in M34/99 strain and presented high identity with previously described L. inadai phage LinZ_10, suggesting that phage-like extrachromosomal sequence may be another feature of this understudied species.

Ocorrência do vírus da artrite encefalite caprina (CAEV) em cabras leiteiras produzidas em sistema intensivo confinado no estado de Minas Gerais / Occurrence of caprine arthritis encephalitis virus (CAEV) in dairy goats produced in an intensive confined system in the state of Minas Gerais, Brazil

Objetivou-se no estudo identificar a ocorrência de infecção pelo vírus da artrite encefalite caprina (CAEV) em propriedades produtoras de leite caprino com sistema intensivo no estado de Minas Gerais. Foram avaliadas cinco propriedades, localizadas em cidades distintas, totalizando 1072 animais, sendo 48 machos e 1024 fêmeas de diferentes faixas etárias, das raças Toggenburg, Alpina e Saanen. O método de diagnóstico utilizado foi o de imunodifusão em ágar gel (IDGA), para detecção de anticorpos anti-CAEV, por ser o diagnóstico preconizado pela Organização Mundial de Saúde Animal (OIE). A ocorrência de anticorpos anti-CAEV nas propriedades estudadas foi de 49,5% (531/1072), entretanto a mesma variou de acordo com a propriedade. Foram observados os seguintes resultados por propriedade: propriedade 1 = 69,6% (156/224); propriedade 2 = 41,5% (47/113); propriedade 3 = 40,3% (63/156); propriedade 4 = 24,6% (18/73) e propriedade 5 = 48,8% (247/506). Do total de machos avaliados, 14,5% (7/48) apresentaram sorologia positiva. De acordo com os resultados, uma alta ocorrência de animais soropositivos foi identificada no estado de Minas Gerais, o qual possui um dos maiores rebanhos de cabras leiteiras do Brasil. Portanto, salienta-se a necessidade de se adotar medidas estratégias sanitárias para o controle da CAE, como a realização de exames rotineiros nas propriedades e a separação de animais infectados dos sadios. A exclusão de reprodutores positivos nas propriedades também é uma medida de controle, pois já foi demonstrado que estes são fontes de infecção importantes.(AU)

The objective of the present study was to identify the occurrence of caprine arthritis encephalitis virus (CAEV) infection in dairy goat farms with intensive system in Minas Gerais State. Five properties were evaluated, totaling 1072 animals, being 48 males and 1024 females of different ages and breeds (Toggenburg, Saanen and Alpine). The diagnostic method used was the agar gel immunodiffusion (AGID) test, to detect antibodies anti-CAEV, which is the diagnostic test recommended by World Organization for Animal Health - OIE. The occurrence of anti-CAEV antibodies in the properties was 49.5% (531/1072), however varied according to the farm. The anti-CAEV antibodies detection varied according to the property: Farm 1 = 69.6% (156/224); farm 2 = 41.5% (47/113); farm 3 = 40.3% (63/156); farm 4 = 24.6% (18/73) and farm 5 = 48.8% (247/506). Of the total sampled males, 14.5% (7/48) were serologically positive. According to the results, there is a high occurrence rate of CAEV-seropositive animals in Minas Gerais, which has one of the largest Brazilian dairy goat herds. Therefore, it is essential to adopt strategies for CAE control, such as a routine of diagnostics tests in the properties and the separation of healthy from infected goats. The elimination of positive breeding goats in the properties is also a measure of control, because it has been shown that these are an important route of CAEV transmission in dairy farms.(AU)

Viral type characterization and clinical aspects of canine parvovirus in naturally infected dogs in São Paulo State, Brazil / Caracterização viral e aspectos clínicos de parvovirose em cães naturalmente infectados no Estado de São Paulo

Since the first isolation of canine parvovirus type 2 (CPV-2) in late 70's new virus types as CPV-2a and CPV-2b have been emerged and becoming prevalent in natural canine population and more recently, a third subtype was identified , CPV-2c. The main purpose of this study was to detect and characterize canine parvovirus currently present in Central-West region of São Paulo state, in Brazil. Fecal samples were collected of vaccinated and non-vaccinated dogs, clinically suspected of having CPV infection brought to the Infectious Diseases Service, Veterinary Hospital of FMVZ-UNESP. All samples (n=30) were screening for canine parvovirus through hemagglutination test and those resulting as positive (n=20) were submitted to PCR and the products were subsequently sequenced for subtype characterization. Results were tested for association with age, hematological values, viral hemagglutination titers in the feces, vaccination status and survival. Leukopenia was found in all animals, death occurred in 30% of unvaccinated dogs and in 42% of vaccinated ones. In a total of 20 positive sequenced samples, 18 were classified as CPV-2b, one as CPV-2c, and one as CPV-2a, being CPV2a and CPV2c detected in unvaccinated puppies. Compared to the reference samples amino acid change at position 426 in those circling virus was identified. The study results demonstrate the predominance of CPV-2b and the presence of CPV-2a and CPV-2c in naturally infected, vaccinated and unvaccinated dogs in in São Paulo region.(AU)

Desde o primeiro isolamento do parvovirus canino tipo 2 (CPV-2) no final dos anos 70 novos subtipos virais como CPV-2a e CPV-2b surgiram e foram se tornando prevalentes na população canina; posteriormente um terceiro subtipo foi identificado, CPV- 2-C. O principal objetivo deste estudo foi detectar e caracterizar os subtipos de parvovírus canino atualmente presente na região Centro-Oeste do Estado de São Paulo-Brasil. Amostras de fezes foram coletadas de cães vacinados e não vacinados, atendidos no Serviço de Enfermidades Infecciosas dos Animais, Hospital Veterinário da FMVZ-UNESP, com suspeita clínica parvovirose . Todas as amostras (n = 30) foram submetidas teste de hemaglutinação para parvovirus canino e as positivas (n = 20) submetidas a PCR; os produtos amplificados foram subsequentemente sequenciados para caracterização do subtipo viral. Os resultados foram associados com a idade, os valores hematológicos, os títulos de hemaglutinação viral nas fezes, estado de vacinação e sobrevivência. A leucopenia foi encontrada em todos os animais; Obito foi observado em 30% dos cães não vacinados e 42% dos vacinados. Em um total de 20 amostras positivas sequenciadas, 18 foram classificadas como CPV-2b, uma como CPV-2c, e uma como CPV-2a. CPV 2a e CPV2c foram detectados em filhotes não vacinados. Em comparação com a amostra de referência foi evidenciada uma mudança de aminoácido na posição 426 nas amostras virais circulantes. Os resultados do estudo demonstram a predominância de CPV-2b e a presença de CPV-2a e CPV-2c em cães naturalmente infectados, vacinados e não vacinados na região de São Paulo.(AU)

Prevalence and in vitro susceptibility of methicillin-resistant Staphylococcus pseudintermedius (MRSP) from skin and nostrils of dogs with superficial pyoderma / Prevalência e suscetibilidade in vitro de Staphylococcus pseudintermedius resistente à meticilina (MRSP) oriundos de pele e narinas de cães com piodermite superficial

In order to assess the prevalence of Methicillin-resistant Staphylococcus pseudintermedius from skin and nostrils of dogs with pyoderma, to determine its in vitro susceptibility, and to correlate these data with the presence of the mecA gene, 43 dogs were selected. Samples were collected from secretion of their skin lesions and right nostril, cultured, and analyzed for phenotypic and genotypic characteristics of the bacteria studied. In 62 samples (91%) the microorganism was classified as S. pseudintermedius. The rate of resistance against antibiotics ranged from 7% (amikacin; 4/62) to 77% (sulfamethoxazole + trimethoprim; 48/62). Resistance against oxacillin was found in 34% of the samples (21/62). Twenty-five samples (37%) were strains that carried the mecA gene. A significant correlation (P<0.01) was found between presence of the mecA gene and oxacillin resistance. Seventeen dogs were mecA gene carriers, and 8 (47%) of them had the gene in the skin lesions and nostril. A significant correlation (P<0.01) was also observed between the presence of mecA gene in the skin lesions and nostrils. Oxacillin resistance in vitro can be safely used to indicate the presence of mecA gene in MRSP samples. The nostrils can be a reservoir of MRSP in dogs.(AU)

Para acessar a prevalência de MRSP na pele e nas narinas de cães com piodermite superficial, determinar a suscetibilidade in vitro, e correlacionar estes dados com a presença do gene mecA, foram selecionados 43 cães. Amostras de lesões de pele e narinas foram coletadas, cultivadas, e analisadas fenotipica e genotipicamente. Em 62 amostras (91%), os microrganismos foram classificados como Staphylococcus pseudintermedius. A taxa de resistência a antibióticos variou entre 7% (amicacina; 4/62) e 77% (sulfamethoxazol + trimetoprim; 48/62). Resistência a oxacilina foi observada em 34% das amostras (21/62). Vinte e cinco amostras (37%), eram cepas portadoras do gene mecA. Correlação significativa (P<0,01) foi observada entre a presença do gene mecA e a resistência à oxacilina. Considerando os cães, 17 eram portadores de cepas com gene mecA e 8(47%) delas carreavam este gene nas amostras de lesão de pele e nas narinas. Correlação significativa (P>0,01) foi observada entre a presença do gene mecA nas lesões de pele e nas narinas. Sendo assim, resistência à oxacilina in vitro pode ser aferida com segurança para indicar a presença do gene mecA em amostras de MRSP, e as narinas podem constituir em um reservatório dos microorganismos em cães.(AU)

Somatic cell count and mastitis pathogen detection in composite and single or duplicate quarter milk samples / Contagem de células somáticas e detecção de patógenos causadores de mastite em amostras de leite compostas e individuais simples ou em duplicata

The most acceptable criteria for diagnosing bovine intramammary infections include results of bacteriological culture and measures of inflammation. Therefore, information on the diagnostic characteristics of the procedures used to identify infected quarters is required. Thus, this study was designed to evaluate a set of criteria to classify the infectious status of an udder at the quarter (single and duplicate milk samples) and cow (composite milk sample) levels, and to compare the infectious status with somatic cell counts (SCCs) of the samples. Here, the SCC thresholds determined by receiver operating characteristic curve analysis had a higher Youden index using mammary quarter duplicate milk samples as the gold standard for testing compared with single quarter and composite milk samples, especially for samples for which at least one of the duplicates was microbiologically positive, regardless of the mastitis pathogen isolated. The kappa coefficient for bacteriological results of the single quarter milk samples (single S1 and S2) was 0.85±0.019, indicating that single quarter milk sampling can be useful in mastitis control programs. Therefore, the use of composite milk samples to detect mastitis pathogens may be limited to the detection of major pathogens, given their predictive values. Thus, our findings suggest that the milk SCCs and microbiological examinations, although regarded as the most reliable indicators of ongoing mastitis, should be used in an integrated manner in mastitis control programs. Furthermore, the accuracy of single, duplicate and composite microbiological analyses to diagnosis mastitis should be considered for its implications in mastitis control strategies.(AU)

Os critérios mais aceitáveis para o diagnóstico das infecções intramamárias em bovinos incluem tanto os resultados da cultura bacteriológica e dos indicadores de inflamação. Portanto, a informação sobre os procedimentos mais adequados a serem utilizados para identificação dos quartos infectados é necessária. Assim, o objetivo do presente estudo foi avaliar um conjunto de critérios para identificação da infecção intramamária em bovinos pelo exame microbiológico (amostras individuais de leite simples ou em duplicata, e amostras de leite compostas), e comparar o isolamento do patógeno nas amostras de leite coletadas por distintos critérios com a contagem de células somáticas (CCS). Os valores de corte da CCS determinados pela curva de característica de operação do receptor demonstraram que a coleta de amostras de leite em duplicata apresentou o maior valor do índice de Youden, especialmente quando considerou-se o quarto mamário infectado se pelo menos uma das amostras de leite da duplicata apresentou resultado bacteriológico positivo independentemente do patógeno isolado. O coeficiente kappa dos resultados do exame microbiológico das amostras de leite individuais (amostra simples S1 e S2) foi de 0,85±0,019, indicando que a coleta de amostras de leite individual, ou seja, a coleta de uma amostra de leite por quarto mamário, pode ser utilizada nos programas de controle de mastite. Por outro lado, a coleta de amostras de leite compostas para detectar patógenos causadores de mastite deve ser limitada à detecção dos patógenos principais, considerando os valores preditivos encontrados no presente estudo. Portanto, os resultados do presente estudo indicam que a CCS e o exame microbiológico do leite, embora considerados como os critérios mais aceitos para o diagnóstico da mastite, devem ser utilizados de forma integrada em programas de controle de mastite. Além disto, os critérios de coleta de amostras de leite para o diagnóstico da mastite pelo exame microbiológico e seus valores preditivos devem ser considerados nos programas de controle de mastite.(AU)

Patotipos de Escherichia coli causadores de diarreia em bezerros: uma atualização / Escherichia coli pathotypes associated with diarrhea in calves: an update

A diarreia é uma das doenças mais frequentes de bezerros com até 30 dias de idade e é uma importante causa de perdas econômicas. Sua etiologia é complexa e envolve a interação de diversos fatores infecciosos, nutricionais, imunológicos, gerenciais e ambientais. Os principais sinais clínicos são a diarreia, desidratação progressiva, acidose metabólica, desequilíbrio de eletrólitos e balanço energético negativo com ou sem hipoglicemia, que se não tratados, levam à morte do animal. Escherichia coli se destaca como um importante enteropatógeno envolvido na síndrome diarreica. Cepas de E. coli patogênicas são classificadas em grupos ou patotipos, de acordo com a produção de fatores de virulência e mecanismos pelos quais causam doença. Já foram identificados cinco patotipos de E. coli associados à diarreia em bezerros: E. coli enterotoxigênica (ETEC), E. coli enteropatogênica (EPEC), E. coli enterohemorrágica (EHEC), E. coli produtora de toxina Shiga (STEC) e E. coli necrotoxigênica (NTEC). Nesse artigo apresentamos as principais características e os atuais conhecimentos sobre os patotipos de E. coli causadores de diarreia em bezerros...

Diarrhea is one of the most frequent diseases in calves up to 30 days of age and is a major cause of economic losses. Its etiology is complex and involves the interaction of various infectious, nutritional, immunological, environmental and managerial factors. The main clinical signs are diarrhea, progressive dehydration, metabolic acidosis, electrolyte imbalance and negative energy balance with or without hypoglycemia, which if left untreated, results in death of the animal. Escherichia coli stands as an important enteropathogen involved in diarrheal syndrome. Pathogenic E. coli strains are classified into groups or pathotypes based on the production of virulence factors and on the mechanisms by which they cause diarrhea. There are five E. coli pathotypes associated with diarrhea in calves: enterotoxigenic E. coli (ETEC), enteropathogenic E. coli (EPEC), enterohemorrhagic E. coli (EHEC), Shiga toxin - producing E. coli (STEC) and necrotoxigenic E. coli (NTEC). In this article, we present the main characteristics and an update on E. coli pathotypes causing calf diarrhea...

Estudo longitudinal da infecção por enteropatógenos em bezerros neonatos, com diarreia, sob diferentes estratégias de aleitamento / Longitudinal study of infection by enteropathogens in newborn calves with diarrhea under different feeding strategies

Foram utilizados 17 bezerros, recém nascidos, da raça Holandesa, com o objetivo de avaliar a influência do volume de sucedâneo nos principais patógenos causadores de diarreia neonatal. [...] Foram coletadas amostras de sangue dos bezerros com cinco dias de idade para dosagem da proteína total. A média da proteína total foi 6,33 e 6,21g/dL nos grupos 1 e 2 respectivamente. O grupo 2 apresentou tendência (p<0,1) de maior consumo de sucedâneo no período avaliado. A quantidade de sucedâneo oferecida aos animais não influenciou a incidência de diarreia e sua etiologia, ou seja, não foi observada diferença (p>0,05) na frequência das amostras positivas para cada agente entre os grupos. A frequência dos enteropatógenos nas amostras foi de 100 e 75 por cento para Cryptosporidium spp.; 28,5 e 43,7 por cento para Salmonella spp.; 28,5 e 15,6 por cento para patotipos de E. coli; 3,5 e 6,2 por cento para Rotavírus e 10,7 e 9,4 por cento para Giardia sp. nos grupos 1 e 2 respectivamente. Foram encontrados os sorotipos de Salmonella infantis e muenster. Os patotipos de E. coli isolados foram classificados como E. coli enterohemorrágica, enteropatogênica, enterotoxigênica e produtoras de toxinas Shiga 1 e 2. Foi observada associação entre o Cryptosporidium spp. e os patotipos de E. coli em 30 por cento das amostras do grupo 1 e Cryptosporidium spp. e Salmonella spp. em 45,5 por cento no grupo 2. Os resultados do presente trabalho demonstraram que o fornecimento de diferentes volumes de sucedâneo não apresentou influência sobre a incidência e etiologia da diarreia neonatal. A avaliação longitudinal dos enteropatógenos durante o período de patência da diarreia demonstrou que a associação entre eles ocorre a partir do primeiro dia da doença e destacou a importância da infecção pelo Cryptosporidium spp. agente encontrado em todos os momentos e animais.

Seventeen Holstein newborn calves were used with the objective of evaluating the influence of milk replacer volume in the pattern of pathogens causing neonatal diarrhea. […] Were collected blood samples from calves with five days of age for determination of total protein. The average total protein was 6.33 and 6.21g/dL in groups 1 and 2, respectively. The group 2 tended (p<0.1) higher consumption of milk replacer during the study period. The volume of milk replacer did not influenced the incidence of diarrhea and the frequency of positive samples for each etiologic agent between the two groups (p>0.05). Also, there was no difference (p>0.05) on the pattern of the frequency of positive samples for evaluated pathogens. The frequency of pathogens in the samples was 100 and 75 percent for Cryptosporidium, 28.5 and 43.7 percent for Salmonella spp., 28.5 and 15.6 percent for E. coli pathotypes, 3.5 and 6.2 percent for Rotavirus and 10.7 and 9.4 percent for Giardia in groups 1 and 2, respectively. Serotypes of Salmonella infantis and muenster were found. The isolated pathotypes of E. coli isolates were classified as Escherichia coli enteropathogenic, enterotoxigenic and Shiga-toxin-producing 1 and 2. Associations between Cryptosporidium spp. and E. coli pathotypes, and between Cryptosporidium spp. and Salmonella spp. were found in 30 percent of the samples in group 1 and in 45.5 percent in group 2, respectively. Our results showed that the different volumes of milk replacer did not influence the incidence and etiology of neonatal diahrrea. Longitudinal evaluation of enteropathogens during patency demonstrated that the association between the etiologic agents starts from the first day of disease. This result highlighted the great importance of the infection by Cryptosporidium spp. which was present in every moments and animals evaluated.

Canine distemper virus infection in a lesser grison (Galictis cuja): first report and virus phylogeny / Infecção pelo vírus da cinomose canina em um furão (Galictis cuja): primeiro relato e filogenia viral

Infectious diseases in wild animals have been increasing as a result of their habitat alterations and closer contact with domestic animals. Canine distemper virus (CDV) has been reported in several species of wild carnivores, presenting a threat to wildlife conservation. We described the first case of canine distemper virus infection in lesser grison (Galictis cuja). A free-ranging individual, with no visible clinical sigs, presented sudden death after one day in captivity. Molecular diagnosis for CDV infection was performed using whole blood collected by postmortem intracardiac puncture, which resulted positive. The virus phylogeny indicated that domestic dogs were the probable source of infection.

Doenças infecciosas em animais selvagens têm aumentado devido às alterações em seu habitat e ao maior contato com animais domésticos. A cinomose já foi descrita em diversas espécies de carnívoros selvagens, representando uma ameaça à conservação da vida selvagem. Nesse estudo é descrito o primeiro caso de infecção pelo vírus da cinomose em um furão (Galictis cuja). Um indivíduo de vida livre, sem sinais clínicos aparentes, apresentou morte súbita após um dia em cativeiro. Foi realizado o diagnóstico molecular para detecção do vírus da cinomose canina, sendo o resultado positivo. A filogenia do vírus indicou que cães domésticos foram a provável fonte de infecção.

Comparação entre a imunidade induzida em bovinos vacinados com bacterinas polivalentes comerciais e uma monovalente experimental / Comparison between immunity induced in cattle vaccinated with commercial polyvalent bacterins and one experimental monovalent

O presente estudo avaliou a indução da produção de anticorpos contra Leptospira spp.por dez bacterinas, sendo nove polivalentes e uma monovalente experimental para a sorovariedade Hardjo amostra Norma. A concentração celular foi controlada e utilizou-se adjuvante de emulsão óleo em água. Um ensaio imunoenzimático (ELISA) indireto foi desenvolvido utilizando-se conjugado anti-IgG total para mensurar os níveis de anticorpos da classe IgG conferido pelas bacterinas utilizando três amostras diferentes: Hardjoprajitino, Norma e Hardjo-bovis. Paralelamente foi utilizado também o Teste de Soroaglutinação Microscópica (SAM) para mensurar os níveis de anticorpos contra as mesmas amostras. Encontraram-se títulos variáveis entre as bacterinas de acordo com o teste ELISA. Os títulos no SAM foram de pouca intensidade e de curta duração indicando a necessidade de controle celular para uma posterior padronização destes produtos. Com base nos resultados encontrados no presente estudo, a bacterina monovalente foi a que apresentou melhor desempenho.

The study evaluated the induction of antibody production against ten bacterins, nine polyvalent and one experimental monovalent to serovar Hardjo strain Norma. An indirect enzyme linked immunosorbent assay (ELISA) was developed using anti-IgG conjugate to measure total levels of IgG class antibodies conferred by bacterins using three different strains: Hardjoprajiitino, Norma and Hardjo-bovis. Microscopic Agglutination Test (MAT) was also used to measure immunoglobulin levels of the same strains. Variable ELISA titers were induced by the tested bacterins. The MAT titers found showed lower intensity and shorter duration, indicating the need to cellular control in further standardization of these vaccines. Based on results of this study, the monovalent bacterin showed best performance.

Detection and dynamics of porcine circovirus 2 shedding in semen using conventional and real-time PCR / Deteccão e dinâmica de excreção do circo vírus porcino tipo 2 no semen pelo PCR convencional e PCR em tempo real

The dynamics of porcine circovirus type 2 (PCV2) shedding in semen of naturally infected boars was studied. Semen was collected serially each 15 or 20 days during 62 days from 5 boars from a herd and from 11 boars from an artificial insemination center. All boars were positive for PCV2 DNA by nested polymerase chain reaction of raw semen in at least two sampling dates, and most of them had detectable shedding in all sampling dates. Real-time quantitative PCR was performed in 23 samples. All samples showed low amounts of PCV2 DNA, ranging from 98 to 652 PCV2 copies/mL. No differences between the frequencies of PCV2 DNA shed in semen were found considering herds and age of boars. PCV2 shedding in the semen can occur continuously or intermittently up to 60 days in naturally infected boars at 12 to 42 months old in absence of PCV2 clinical signs. These results demonstrate sporadic and long-term shedding patterns of low amounts of PCV2 DNA in semen from naturally infected boars.

A dinâmica da excreção do circovírus suíno tipo 2 (CVS2) em sêmen de machos naturalmente infectados foi estudada. Amostras de sêmen de cinco machos de um plantel e de 11 machos de um centro de inseminação artificial foram coletadas a cada 15 ou 20 dias durante 62 dias. Todos os machos testados foram positivos para a presença do DNA viral no sêmen em pelo menos duas coletas, sendo que a maioria deles eliminou o CVS2 em todas as coletas. O teste de PCR quantitativa em tempo real foi aplicado em 23 amostras. Todas as amostras tinham baixa quantidade de DNA viral, variando de 98 a 652 cópias de CVS2/ml. Não houve diferença na freqüência de eliminação do DNA viral levando em conta os plantéis e idade dos machos. A excreção do CVS2 no sêmen pode ocorrer de forma contínua ou intermitente por mais de 60 dias em machos de 12 a 42 meses de idade naturalmente infectados na ausência de sinais clínicos de CVS2. Estes resultados demonstram padrões esporádico e de longa duração de excreção viral em pequenas quantidades no sêmen de varrões naturalmente infectados.

First detection of a human astrovirus type 8 in a child with diarrhea in Belém, Brazil: comparison with other strains worldwide and identification of possible three lineages

This study describes the genetic relationships of the first human astrovirus type-8 (HAstV-8) detected in Belém-Brazil, during a public hospital-based study. This strain was compared with other HAstV-8 strains identified elsewhere which have sequences available at GeneBank. The regions ORF1a (primers Mon348/Mon340) and ORF2 (primers Mon269/Mon270) were analyzed by nucleotide sequencing and a high similarity rate was observed among the Belém strain and other HAstV-8 strains. In ORF1a, homology values of 93-100 por cento were detected, and in ORF2 96-99 por cento. Considering the sequence variation (7 por cento) observed in ORF2 region, it was suggested that HAstV-8 strains could be divided in three different lineages.

Genetic characterization of Brazilian bovine viral diarrhea virus isolates by partial nucleotide sequencing of the 5'-UTR region

Nineteen isolates of bovine viral diarrhea virus (BVDV) from Brazil were genetically characterized through partial nucleotide sequencing and analysis of the 5'UTR region. The isolates were grouped as BVDV-1 (11/19), BVDV-2 (6/19) or "atypical" pestivirus (2/19). Among the BVDV-1, eight isolates were classified as subgenotype BVDV-1a, whereas most (4 out of 6) BVDV-2 belonged to subgenotype 2b. Two isolates from aborted fetuses were not classified into any genetic group, being considered atypical BVDVs. Genetic diversity among Brazilian BVDV isolates may be responsible for vaccination and diag-nostic failure and therefore may influence the control strategies for BVDV infection in the country.

Dezenove amostras do vírus da diarréia viral bovina (BVDV) foram caracterizadas geneticamente através do seqüenciamento parcial de nucleotídeos da Região 5'UTR. As amostras foram agrupadas em BVDV-1 (11/19), BVDV-2 (6/19) e num terceiro grupo de amostras denominadas "atípicas" (2/19). Das onze amostras genotipadas como BVDV-1, oito amostras foram sub-genotipadas como BVDV-1a, enquanto que a maioria (4/6) das amostras de BVDV-2 foi agrupada como BVDV-2b. Duas amostras provenientes de fetos bovinos abortados foram classificadas como atípicas, não BVDV-1 e 2. A presença da diversidade genética de BVDV detectada nas amostras estudadas pode ser responsável por falhas vacinais e de diagnóstico e deve influenciar nas estratégias de controle do BVDV aplicadas nas diferentes regiões brasileiras.